L'histoire de Marvel Evolution est tout d'abord fondée sur les films que le groupe Marvel Studio a produit, histoires qui parlent principalement d'êtres dotés de super-pouvoirs (Mutants, Supers-Héros, Supers-Vilains...). Des personnages des Marvel Comics peuvent aussi être intégrés, à condition qu'ils respectent les limites qui ont étés fixé. Nous essayons de garder un univers qui soit gérable et à la portée de tous.

Scénario 2: Civil War Le SHIELD, incapable d'avoir pu gérer les précédentes crises, fut remis en question quant à ses compétences dans la protection qu'il garantissait contre les mutants incontrolables et les invasions extra-terrestre. Le gouvernement américain fit voter une loi spéciale : le "Super-Human Registration Act". Cette loi oblige tous les super-héros et autres mutants à rendre publique leurs identités secrètes et à travailler pour le gouvernement. S'ils ne se plient pas à cette loi, ils seront arrêtés et placés en détention dans des prisons prévues afin d'accueillir les mutants entrés dans l'illégalité. Tous les droits furent accordés à Justin Hammer afin de mettre en place de nouvelles mesures qui permettront d'assurer une sécurité efficace. Dans plusieurs régions du monde c'est la guerre civile.