Résumé
La société pharmaceutique Worthington a mis au point un « vaccin » permettant aux mutants de renoncer à leurs pouvoirs. Pour la première fois de leur histoire, un choix s'offre à eux : conserver leurs caractéristiques uniques mais également la méfiance de l'humanité, ou bien abandonner leurs pouvoirs et devenir des êtres humains normaux. Malicia fait partie des mutants qui veulent renoncer à leurs pouvoirs.
Scott Summers (Cyclope), très déprimé depuis la mort de Jean Grey, retourne à Alkali Lake et Jean lui apparaît soudain en sortant du lac, ses pouvoirs s'étant manifestement développés. Alerté par ses pouvoirs psychiques, le professeur Xavier envoie Wolverine et Tornade à Alkali Lake et les deux mutants retrouvent Jean Grey inconsciente mais vivante alors que Cyclope a disparu. Ils la ramènent au manoir des X-Men où le professeur Xavier leur explique que Jean Grey a libéré en se sacrifiant la partie de son subconscient, appelée « le Phénix », que Xavier, craignant sa puissance incontrôlable, avait contenu depuis de nombreuses années. Jean Grey, désormais contrôlée par le Phénix, s'échappe peu après du manoir.
Magnéto, secondé par Pyro et Mystique, recrute quant à lui de nombreux mutants dans sa confrérie afin de lutter contre la firme qui produit les vaccins anti-mutants. Il délivre notamment le Fléau et l'homme-Multiple mais Mystique, touchée par un pistolet à aiguille, se fait inoculer le vaccin. Elle perd ses pouvoirs et Magnéto l'abandonne.
Magnéto et Xavier cherchent Jean Grey et la retrouvent dans la maison où elle a passé son enfance. Pendant que Wolverine et Tornade se battent contre le Fléau et Callisto, le professeur Xavier essaie de contrôler le Phénix mais cette dernière, rongée par une rancœur accumulée durant toutes ces années, libère sa puissance destructrice et, par là-même, tue le professeur Xavier. N'ayant plus de repères, le Phénix s'allie à Magnéto et sa confrérie, persuadée par Magnéto que Xavier lui a menti toute sa vie sur ce qu'elle est vraiment.
Magnéto, ayant désormais le champ libre, lève une armée de mutants afin d'assiéger l'île d'Alcatraz, île sur laquelle se trouve Jimmy, l'enfant grâce auquel la société Worthington fabrique les vaccins anti-mutants. Tornade, Wolverine, le Fauve, Iceberg, Colossus et Kitty Pryde unissent leurs forces pour affronter Magnéto. Un gigantesque combat éclate car les mutants de Magnéto donnent l'assaut alors que les militaires défendent l'île. Iceberg triomphe de Pyro, Kitty Pryde sauve Jimmy du Fléau, et Wolverine finit par réussir à distraire Magnéto le temps que le Fauve lui injecte l'antidote, ce qui lui enlève ses pouvoirs. Cependant, le Phénix n'est pas vaincu et détruit tout autour d'elle. Wolverine comprend alors que seul lui peut l'arrêter, et il s'efforce de s'approcher de Jean Grey, mutilé par sa puissance, mais grâce à sa mutation et à son squelette en adamantium il parvient à arriver jusqu'à celle-ci. Jean regagne momentanément le contrôle et Wolverine lui plante alors ses griffes pour la tuer.
Tornade est désormais à la tête de la Fondation Xavier, alors que la tombe de Jean Grey est à côté de celles de Scott Summers et de Charles Xavier. Pour conclure le film, on retrouve Magnéto jouant aux échecs seul, et une pièce bouge seule alors que la main de celui-ci était proche (ce qui laisse supposer que l'antidote ne fait que neutraliser la mutation un certain temps, et donc que Mystique et Malicia devraient elles aussi retrouver leurs pouvoirs). Après le générique de fin, on découvre que le professeur Xavier est toujours vivant, ayant pris possession du corps d'un malade dans un état végétatif.


Source : Wikipedia